来源:核酸扩增抑制物残留柱纯化二次处理(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space
qPCR 反复出现 Ct 偏大、曲线起不来、内参正常而目的基因异常,一稀释样本就“复活”?大概率是抑制物没清干净。一次柱纯化后仍有残留,二次过柱又丢样,是分子实验室最常见的卡点之一。本文从低级错误、上柱结合、洗涤洗脱到二次柱前处理,给你一条能直接照着做的排查路径。
第一步:快速排查低级错误
1. Wash Buffer 没加无水乙醇。 瓶身写“25 mL 浓缩液加 75 mL 无水乙醇”,就按这个加;别用 95% 乙醇替代后又少加。解决:整瓶重配,标记日期和“已加乙醇”。
2. 二次柱前把一次洗脱液直接上柱。 洗脱液是低盐,DNA 根本不结合。解决:先加 5 倍体积含胍盐结合液,按说明书必要时补 1 倍体积无水乙醇,混匀后再上柱。
3. 省略空转干燥。 洗涤后直接洗脱,乙醇和盐一起下来。解决:12,000×g 空转 2 min,开盖 37°C 放 3–5 min,别超过 10 min。
4. 上柱量过载或移液碰到膜。 每柱总核酸控制在 ≤10 µg,每次上柱 ≤700 µL;枪头别戳 silica 膜。解决:超量分两柱,洗脱液 12,000×g 1 min 后再取。

第二步:分维度系统排查
1. 样本盐浓度和 pH 不合适。
现象:二次柱得率低,洗脱液电导偏高,qPCR 1:5 稀释后 Ct 明显下降。
原理:高盐、极端 pH 会削弱核酸与硅胶膜结合,抑制剂也更容易共洗脱。
解决:先测电导,>5 mS/cm 用 TE 稀释 2–5 倍;pH 低于 7 时补 10 mM Tris-HCl pH 8.0。上柱前加 0.1 倍体积 3 M NaAc pH 5.2 和 2.5 倍体积无水乙醇,-20°C 放 10 min。
验证