多序列比对
Clustal Omega 多重比对 · 本地计算 · 完全免费
DNA / RNA / 蛋白质序列多重比对，输出一致性序列、逐列保守度与两两一致性矩阵。本地计算，无需登录，零消耗。
⚡ 输入多条序列
FASTA 格式（>名称 换行 后跟序列），或直接按行粘贴自动命名
使用教程
多序列比对（Clustal Omega）使用说明
第一步：准备序列。将待比对的 DNA 或蛋白质序列粘贴到输入框，每条序列以大于号（>）开头作为序列名，下一行为序列本身，例如 >seq1 加回车后输入序列。也支持直接按行粘贴无标题序列，工具会自动命名为 seq1、seq2……。每条序列至少 8 个碱基或氨基酸，最多 300 条。
第二步：选择类型。工具会自动判断序列是 DNA 还是蛋白质，也可手动指定。DNA 比对采用核酸替换矩阵，蛋白质比对采用蛋白替换矩阵，请勿混用。
第三步：点击「开始比对」。工具调用本地 Clustal Omega 引擎完成多重比对，返回对齐序列、一致性序列、逐列保守度以及两两一致性矩阵。矩阵数值越高代表两条序列越相似，可用于筛选同源序列与评估序列保守区域。
结果解读：比对结果中 "-" 代表插入/缺失（gap）；完全一致的列对应蛋白质功能结构域或核酸保守元件，可用于设计简并引物、定位功能位点或构建系统发育树的预处理。
多序列比对：序列保守性与功能注释的基础分析
多序列比对（Multiple Sequence Alignment，MSA）是将两条以上同源序列按残基对应关系排列对齐的计算方法，是生物信息学最基础的分析手段之一。本工具内置 Clustal Omega 多重比对引擎，支持蛋白质与 DNA/RNA 序列，在线输入或上传 FASTA 文件即可获得对齐结果。相比两两比对，多序列比对能够同时呈现多个物种或多条同源序列之间的保守位点与差异位点，为功能结构域定位、进化保守性评估与实验设计提供直接依据。
一致性序列与保守度：快速定位功能关键残基
比对完成后，工具逐列统计出现频率最高的残基，生成一致性序列（Consensus）并计算每列保守度——该列最高频残基在全部序列中的占比。高保守列往往对应蛋白质的催化残基、结合口袋或核酸的重要结构元件；若对来自不同物种的同源蛋白进行比对，保守度超过 90% 的列通常提示该位置具有关键功能。结合保守度柱状图，可快速筛选适合设计简并引物或定点突变的靶位点。
两两一致性矩阵：序列相似性量化与筛选
工具同时输出两两一致性矩阵，对角线为 1（自比），任意两序列的一致性为相同残基占非空位（排除 gap）的百分比。该矩阵可直接用于：从一组候选序列中挑选差异最大的两株作对照、评估新测序序列与参考序列的相似度、或为进化树构建前的数据筛选提供定量依据。数值越高代表两条序列越相似，0.7 以上通常可视为高度同源。
免费本地计算：序列隐私与科研效率兼顾
与在线付费比对服务不同，本工具在服务器本地调用 Clustal Omega 完成比对，序列数据不上传任何第三方平台，适用于尚未公开的课题序列。全程免费、无需注册登录，支持最多 300 条序列、单条最长 10000 bp/aa。比对结果支持一键复制，可直接用于论文补充材料、引物设计或后续系统发育分析。