载体构建模拟器
双酶切 · 单酶切 · Gibson 组装 — 虚拟克隆与质粒构建全流程
选择真实载体骨架，添加 1-10 个插入片段，按所选克隆策略自动模拟酶切与连接，输出完整新质粒序列（GenBank）与可交互环形质粒图谱。本地计算 · 完全免费 · 无需登录。
⚙️ 组装方案
载体构建模拟器使用说明
第一步：选择载体。从下拉框选择载体库中的真实骨架载体（pET28a、pUC19 等 55 种），或切换「自定义载体」粘贴自己的骨架序列（至少 200bp）。
第二步：添加插入片段。可添加 1-10 个片段，每个片段需提供名称与序列：双酶切/单酶切模式在片段两端加入对应酶切位点（如 NdeI=CATATG、XhoI=CTCGAG、EcoRI=GAATTC）；Gibson 组装模式则让片段两端与载体线性化切口两侧各带 15-200bp 同源臂，工具会自动校验反向互补配对。
第三步：选择组装策略并点击「模拟克隆」。工具在载体 MCS 区间内定位酶切位点、切除对应区域并把片段连接到载体中，生成完整的新质粒序列。
结果区展示环形质粒图谱（酶切位点可交互查看）、关键特征注释（载体骨架、插入片段 CDS、蛋白标签、酶切连接位点）、全长 GenBank 序列与全部酶切位点清单；可下载 GenBank / FASTA 文件用于后续分析，全程免费、无需登录。
载体构建模拟器：虚拟克隆与质粒组装的完整预演
载体构建模拟器是一个面向分子克隆实验的在线虚拟克隆工具。用户从载体库中选择真实骨架序列（如 pET28a、pUC19 等 55 种），添加 1-10 个插入片段，并选择双酶切、单酶切或 Gibson 组装策略，工具即在浏览器与服务器之间完成真实的序列运算：在载体 MCS 区间内定位酶切位点、模拟酶切切除、连接插入片段，最终输出一条完整的新质粒环形序列。整个过程与真实克隆实验的分子逻辑一致，可在设计构建方案时提前预览产物序列、长度与特征注释。
双酶切与单酶切：经典限制酶克隆的序列级模拟
双酶切模拟中，工具验证每个片段 5' 端与 3' 端 15bp 窗口内是否存在所选限制酶的识别位点（如 NdeI=CATATG、XhoI=CTCGAG），在载体 MCS 内定位对应切割位置并切除区间，再按顺序连接全部片段；若片段内部仍残留同种酶位点，工具会给出「组装后该位点仍可被切开」的预警。单酶切模拟则将载体线性化于唯一酶位点，插入片段两端各保留一个同酶位点，构建结果中该位点出现两次，符合真实单酶切克隆的产物特征。所有酶识别序列均来自 Biopython Bio.Restriction（REBASE 数据），不进行任何编造。
Gibson 组装：同源臂校验与多位点一步拼接
Gibson 模式在载体线性化切口两侧各取一段同源臂（默认 40bp，可在 15-200bp 间调整），要求第一个片段 5' 端与切口上游同源臂序列一致、最后一个片段 3' 端与切口下游同源臂反向互补，通过逐段比对验证同源臂是否真实配对，再拼接为完整序列。该模式特别适合多片段、无酶切位点或位点稀缺的复杂载体构建预演，结果同时标注 5'/3' 同源臂区间，便于设计引物与复核。
结果可交付：质粒图谱、GenBank 与免费科研工作流
构建完成后，工具在结果区渲染环形质粒图谱——特征按类型分色（CDS、标签、骨架、酶切位点等），酶切位点以可交互刻度标注，悬停即可查看酶名、识别序列与坐标；信息面板给出新质粒名称、总长、GC 含量、切除片段长度与组装策略细节。全长序列可一键下载为 GenBank 或 FASTA 文件，GenBank 记录含载体骨架、插入片段 CDS、蛋白标签与酶切位点等完整特征注释，可直接导入 SnapGene、Benchling 或 Biopython 继续分析。本工具全程本地计算、完全免费、无需登录，适用于构建方案预演、序列核对与论文数据产出。