🧬 多基因组装

从「我的模块库」选择多个表达模块,设定顺序与方向,自动规划 Golden Gate 接缝组装 / 酵母体内同源重组路线,输出可执行克隆方案

YTK标准接缝系统酶切位点自动驯化反应处方精确计算验证引物自动生成

① 选择表达宿主

大肠杆菌
E. coli BL21(DE3)/K12,T7表达系统
毕赤酵母
P. pastoris,高密度甲醇诱导分泌表达
哺乳动物
HEK293/CHO-S,治疗性蛋白正确折叠
酿酒酵母
S. cerevisiae,真核模式蛋白
昆虫细胞
Sf9/High Five,杆状病毒表达
枯草芽孢杆菌
B. subtilis,食品级分泌表达
无细胞表达
E. coli裂解液,毒蛋白/非天然AA
本氏烟草
植物瞬时表达,疫苗/天然产物
恶臭假单胞菌
P. putida,难表达蛋白
谷氨酸棒杆菌
C. glutamicum,氨基酸/工业酶
链霉菌
天然产物/PKS
解脂耶氏酵母
Y. lipolytica,疏水蛋白/油脂
乳酸克鲁维酵母
K. lactis,食品级分泌
黑曲霉
A. niger,工业酶/纤维素酶

② 输入目标蛋白

逐条粘贴序列,点「+ 添加序列」可增加多条(上限 20 条);每条可单独勾选定位标签
准备中...

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GenBank FASTA 特征表
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保存后可在「我的模块库」中一键载入继续编辑,本操作不消耗点数

多基因组装:从单模块到可执行的多基因通路

多基因组装面向合成生物学与代谢工程研究:从「我的模块库」选择 2-8 个已设计的表达模块,设定通路中的组装顺序与正/反向,即可自动规划组装路线并输出可直接送去克隆实验的完整方案。支持体外 Golden Gate 接缝组装(2-4 个模块默认路线)与酿酒酵母体内同源重组(5 个及以上模块),适用于多基因共表达载体、代谢通路构建、多亚基复合物共表达等场景。

YTK 标准接缝系统与酶切位点驯化

体外组装采用 YTK 标准接缝系统:自动为每个接缝分配 4bp 粘性末端,并对 BsaI/BsmBI/BbsI 违禁位点做 CDS 同义突变驯化(非编码区位点仅给人工建议),接缝兼容性给出效率等级标注。反应处方按模块摩尔比精确计算,输出各片段用量、酶量、连接酶浓度与热循环程序,可直接照方执行。

酵母体内同源重组:多片段一次转化

5 个及以上模块或用户显式选择时,走酿酒酵母体内同源重组路线:为每个转录单元生成 connector 同源臂与 TU 片段,推荐线性化载体并给出共转化方案。跨接缝自动生成验证引物与菌落 PCR 方案,阳性克隆概率与筛选策略一并给出。

结果可复核:验证引物、实验记录单与科研诚信声明

组装输出最终环形通路质粒(真实载体骨架 + 用户选择的宿主筛选标记 + 串联 TU 表达盒)的 GenBank/FASTA,以及克隆步骤、跨接缝验证引物、菌落 PCR 方案与可打印的实验记录单。单模块设计保持纯表达模块输出(不注入宿主筛选标记/质粒骨架),骨架与宿主筛选标记仅在组装步骤选择并只出现在最终质粒中。组装方案附科研诚信声明——建议对组装产物做全序列测序验证与表达检测,确保计算机辅助设计经得起实验复现。多基因组装与站内「表达模块设计器」的单模块设计衔接使用:先在模块库中保存设计好的表达模块,再进入组装流程。