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通用生物转化酶基因挖掘

上传目标微生物蛋白组基因组(DNA 自动经 Prodigal 预测 ORF),基于 dbCAN CAZy HMM 库注释六大类生物转化酶家族(GH / GT / CE / PL / AA / CBM)。可选输入一条参考酶(任意酶类型,非硬编码家族)做 blastp 同源验证;自动补 SignalP 6.0 信号肽预测与 CD-HIT 去冗余。

① 输入目标蛋白组 / 基因组

🧪 填入 Rb1

开启后对去冗余代表(最多前 30)blastp 对 PDB 找同源模板:identity≥60% 直接模板结构、40–60% 在线建模、无模板标注"建议直接上 AF3";提供底物 SMILES 时运行 AutoDock Vina 对接并输出打分(kcal/mol,负值越低结合越强)。Vina 为粗筛打分,大分子糖苷底物精度有限,最终以 AF3 / 湿实验为准。默认关闭以保持阶段 1 快速流程。

挖掘流程:CAZy HMM 注释(hmmscan,E<1e-5)→ 参考酶 blastp(如提供)→ SignalP 6.0 信号肽 → CD-HIT -c 0.9 去冗余。全部本地计算,免费工具;大蛋白组(数万 ORF)约需数分钟。

任务排队中...

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