酶切位点分析
REBASE 规则库 · 69 种常用酶 / 623 种全库 · 完全免费
扫描 DNA 序列中的限制性内切酶识别位点，输出切割位置、粘性末端类型与片段长度，支持线性与环状质粒拓扑。本地规则扫描，无需登录。
⚡ 输入 DNA 序列
自动过滤数字、空格与换行；支持线性与环状拓扑
使用教程
酶切位点分析使用说明
第一步：输入 DNA 序列。将待分析的 DNA 序列粘贴到输入框，支持线性与环状两种拓扑：默认按线性序列分析，勾选「环状质粒」后按环形拓扑扫描。
第二步：选择酶库。默认扫描 69 种分子克隆常用限制酶（BamHI、EcoRI、NdeI、XhoI、NotI、BsaI 等）；可在「指定酶」中按逗号或空格输入自定义酶名（如 NotI BsaI），或勾选「全库扫描」覆盖 Biopython 内置的 623 种 REBASE 酶。
第三步：点击「分析酶切位点」。工具输出每种酶的识别序列（含切割位置标记 ^）、切割位置（1-based 编号）、粘性末端类型（5' 突出 / 3' 突出 / 平末端）与单酶切片段长度，底部汇总所有酶的联合切片段长度，可直接用于双酶切实验方案评估。
结果解读：切割位置为顶链 3' 片段的第一个碱基编号；粘性末端长度为突出碱基数（如 EcoRI 为 4 碱基 5' 突出）。环状序列的片段长度为相邻切点之间的环段长度。未检测到位点的酶不会列出。
限制性酶切位点分析：分子克隆设计的关键前置检查
限制性内切酶识别 DNA 上特异的短序列并切割磷酸二酯键，是分子克隆最核心的工具酶。构建载体、亚克隆片段、或设计表达框之前，都必须先确认目标序列内部是否存在计划使用酶的额外位点——多余切点会导致错误大小的片段或无法定向连接。本工具内置 REBASE 限制酶规则数据，对输入序列进行逐碱基真实扫描，准确报告每种酶的识别位点、切割位置与粘性末端类型，为酶切方案设计提供可靠依据。
69 种常用酶与 623 种全库：按需选择扫描范围
工具默认扫描 69 种分子克隆高频限制酶（BamHI、EcoRI、NdeI、XhoI、NotI、BsaI 等），覆盖绝大多数实验室日常需求；勾选「全库扫描」可扩展至 Biopython 内置的 623 种 REBASE 酶，用于排查罕见酶或寻找可用的单一位点。也可在「指定酶」框中输入任意酶名（如 NotI,BsaI），仅针对目标酶扫描，结果更聚焦。对于 II 型与 IIS 型酶，工具均按酶官方切割模式给出真实切点。
切割位置、粘性末端与片段长度：读懂每一次酶切
结果中每种酶展示识别序列与切割位置标记（如 G^AATTC 表示 EcoRI 在 G 与 A 之间切割），切割位置统一按顶链 3' 片段的首碱基编号。粘性末端分为 5' 突出、3' 突出与平末端三类，突出长度即粘端碱基数（EcoRI 为 4 碱基 5' 突出，可与 XhoI 等产生部分兼容性）。同时计算单酶切片段长度与多酶联合切片段长度：双酶切实验中，两个切点之间的片段即为目标片段，其大小应在电泳中可预期。
线性与环状质粒双拓扑支持：贴近真实实验场景
线性序列（如 PCR 产物、合成片段）与环状质粒的酶切片段计算方式不同：环状质粒在酶切位点处线性化，单酶切产生一条全长线性片段，多酶切则产生多个环段，片段长度按相邻切点之间的环段距离计算。工具自动区分两种拓扑，勾选「环状质粒」即可获得与实验室酶切电泳结果一致的片段预测，直接用于克隆方案验证与胶回收预期片段的确认。