来源:胶回收DNA低盐洗脱优化(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space
你跑完胶,切下目标条带,回收浓度却只有5 ng/µL?或者用低盐洗脱后A260/280漂亮,一连接就掉坑。问题常常不在试剂盒,而在切胶、溶胶、洗涤、洗脱里的某个小动作。本文按“先查低级错,再拆流程模块,最后处理疑难”的路径,带你在10-20分钟内定位原因。覆盖低盐洗脱的pH、体积、温度、乙醇残留,读完直接改参数。
第一步:快速排查低级错误
1. 洗脱液pH偏酸。水放久pH<7,DNA磷酸骨架质子化,死死吸在硅膜上。直接用10 mM Tris-HCl pH 8.5,别用没调pH的超纯水。
2. 洗脱体积太大。50 µL洗脱2 µg DNA,浓度自然被稀释。改成25 µL,或分两次15 µL+15 µL,合并后浓度更稳。
3. 洗脱液没浸透膜。加完EB直接离心,膜局部干着,DNA下不来。加液后室温静置2分钟,再12000×g离心1分钟。
4. PE洗涤后没空转。乙醇残留会抑制T4连接酶和限制酶。PE洗两遍,倒废液后16000×g空转2分钟,开盖晾3-5分钟。

第二步:分维度系统排查
按切胶→溶胶→结合→洗涤→干燥→洗脱→定量,逐段查。
1. 切胶太大,紫外照太久。
现象:胶上条带很亮,回收浓度<10 ng/µL。原理:UV交联DNA,大胶块溶胶不完全。解决:切胶块<0.5 cm²,UV下操作<30秒,切掉多余琼脂糖。验证:取2 µL回收产物跑1%胶,看条带强度。
2. 溶胶不彻底。
现象:溶胶液有胶粒,上柱后堵膜。原理:琼脂糖未完全溶解,DNA被包裹。解决:55°C孵育10分钟,每2-3分钟vortex 5秒,直到