RNA降解严重RNase污染

来源:RNA降解严重RNase污染(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space

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跑完胶一看,28S/18S 糊成一片。Nanodrop 浓度低,A260/280 还凑合。你怀疑 RNase 污染,却不知道从哪换枪头。别急。这篇把排查拆成低级错误、流程模块、疑难杂症三层,覆盖样本、耗材、试剂、操作、环境、检测。照着做,大概率能锁定元凶。

第一步:快速排查低级错误

  • 普通枪头/离心管直接上:不是 RNase-free 的耗材,管壁可能残留核酸酶。换新开封的无酶吸头,或用 0.1% DEPC 水浸泡 2 h 后 121°C 20 min,烘干再用。
  • 手套摸过门把手又摸管子:手套外侧沾 RNase,接触 RNA 就完。每换一个区域换一副手套,碰非洁净面后喷 75% 乙醇,再换。
  • 普通水配试剂或溶解 RNA:Milli-Q 水不是无酶水。用 0.1% DEPC 处理水,37°C 过夜,121°C 20 min 灭活,或直接买无核酸酶水。
  • 样本反复冻融:组织或细胞裂解后内源 RNase 被激活。新鲜样本液氮速冻,-80°C 只冻融一次;裂解时加 1% β-巯基乙醇或 4 M 异硫氰酸胍。
教程配图2:RNA降解严重RNase污染 排查流程示意
▲ 教程配图2:RNA降解严重RNase污染 排查流程示意

第二步:分维度系统排查

1. 样本裂解不充分,内源 RNase 没压住

现象:提取液黏,RNA 得率低,28S/18S 弥散。

原理:细胞破裂后内源 RNase 释放,异硫氰酸胍或 β-巯基乙醇不足,没法变性 RNase。

解决:每 50-100 mg 组织加 1 mL TRIzol,组织先液氮研磨成粉,别解冻。每 mL TRIzol 加 10 μL β-巯基乙醇,涡旋 15 s,室温 5 min。细胞用 PBS 洗一次,直接加 1 mL TRIzol 吹打。

验证:裂解液应清亮不粘。取 5 μL 跑琼脂糖,若仍见大分子 DNA 拖尾,延长室温 5 min。

2. 氯仿相分离偷懒

现象:水相取多,A260/230 低,胶图有 DNA 污染,RNA 降解。

原理:中间层 DNA、蛋白和 RNase 混入水相。

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