qPCR扩增曲线异常平台期低

来源:qPCR扩增曲线异常平台期低(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space

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Ct值看着还行,扩增曲线却爬不起来,平台期低得可怜,复孔还一高一低。这板数据到底能不能用?别急着复测,也别直接判样本阴性。平台高度反映两件事:反应攒出了多少产物,仪器读到了多少荧光。问题可能藏在模板、体系、耗材、光学任何一环。下面按“先扫低级错误、再按流程分模块、最后处理疑难情况”的顺序,把判断动作、验证方法和具体参数都写清楚,你对着做就行。

第一步:快速排查低级错误

先花5分钟看这几处。一半的“平台低”根本不是实验问题。

  • 荧光通道选错。SYBR体系读了HEX通道,或探针FAM却选了Cy5,曲线又低又平。解决:进软件确认Channel与染料一致,SYBR用SYBR/FAM通道,探针看报告基团。
  • 体系漏加、体积不足。20 μL体系只移了15 μL,整管浓度被稀释。解决:配好总体积后离心1000 rpm 1 min,逐孔核对,用同一支20 μL枪。
  • 封膜不严、孔里有气泡。边缘孔最先出问题,平台整齐地低一截。解决:180°C封膜3 s,刮板压实,上机前1000 rpm离心1 min。
  • 模板或引物稀释记错。10×稀释当成1×加,模板超载;引物只剩0.02 μM。解决:查配液记录,引物终浓度核对在0.2–0.4 μM。
图2:qPCR扩增曲线异常平台期低排查流程示意
▲ 图2:qPCR扩增曲线异常平台期低排查流程示意

第二步:分维度系统排查

低级错误排除后,按“模板→体系→引物探针→仪器

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