RNA提取降解RNase污染

来源:RNA提取降解RNase污染(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space

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提RNA最让人抓狂的不是提不出来,而是提出来了、浓度也测得到,一跑胶全是弥散拖尾,28S/18S塌成一团。你换了新试剂盒,还是烂。别急着把锅甩给试剂盒——九成问题出在环境、耗材和你的手。这篇教程按"先查低级错误、再按流程分模块排查、最后啃疑难杂症"的顺序走,每一步都给你判断依据和具体参数。照着做,大概率能找到真凶。

第一步:先别怀疑试剂盒,查这4个最容易翻车的基础错误

1. 枪头、EP管不是无RNase级,或者高压没到位。 普通枪头盒里混进一个用过的,整批都完。解决:用0.1% DEPC水浸泡过夜,121°C高压30分钟;或者直接用带"RNase-free"认证的耗材,拆封后别敞着放。

2. 手套摸过头发、门把手、手机,又去碰管口。 皮肤表面和日常物件上RNase多到你想象不到。解决:操作前换新手套,开管盖时手套只碰管壁外沿,别用裸手拧离心管盖。

3. 样品没液氮速冻,或者室温放太久。 组织离体后内源RNase几分钟内就开工。解决:取材后30秒内投入液氮,或直接进-80°C,切不可室温放着再去称重。

4. 裂解液体积不够,组织没被完全覆盖。 匀浆不彻底等于给RNase留时间。解决:每50-100 mg组织至少加1 mL TRIzol,匀浆30秒、冰上静置5分钟再继续。

教程配图2:RNA提取降解RNase污染 排查流程示意
▲ 教程配图2:RNA提取降解RNase污染 排查流程示意

这四个查完还不行,就别停在"是不是试剂盒坏了"上。往下走。

第二步:按实验流程分模块系统排查

模块A:样品采集与保存

1. 现象:同批样品,有的孔正常有的全降解。

原理:不同组织内源RNase含量差异极大,胰腺、脾脏、肝脏是重灾区。

怎么判断:把正常和降解的样品做个来源对照表,看是否集中在某几种组织。

解决步骤:高RNase组织取材后立即加5-10倍体积TRIzol或RNAlater,-80°C保存不超过3个月。

验证方法:取1 μg跑1.2%变性胶,28S/18S比值应在1.8-2.0。

2. 现象:反复冻融过的样品提出来总是拖尾。

原理:冰晶物理破碎细胞,冻融一次降解风险就涨一截。

怎么判断:看样品管壁有没有结霜或融化痕迹。

解决步骤:取材时按单次用量分装,每管50 mg,用完即弃,冻融不超过1次。

验证方法:新分装管和旧管同时提取,同胶对比。

模块B:裂解与匀浆

3. 现象:裂解液变黏、颜色发暗,后续分层不清。

原理:核酸和蛋白没被充分解离,RNase仍保持活性。

怎么判断:枪头吹打时明显拉丝。

解决步骤:TRIzol裂解后室温静置5分钟;电动匀浆器20秒/次,间歇30秒,重复3次,全程冰上。

验证方法:取5 μL裂解液点胶,看是否还有完整细胞团。

4. 现象:加氯仿后中间层特别厚、发白。

原理:蛋白没抽提干净,水相会带过去。

怎么判断:中间层厚度超过水相的1/3。

解决步骤:12,000 × g、4°C离心15分钟;吸水上相时宁可少吸20 μL,也别碰中间层。

验证方法:水相重复一次氯仿抽提,看中间层是否变薄。

模块C:相分离与沉淀

5. 现象:加异丙醇后看不到沉淀,或者沉淀发黄。

原理:水相体积算错、盐浓度过高会让沉淀松散甚至不沉。

怎么判断:离心后管底只有薄薄一层。

解决步骤:按水相体积1:1加异丙醇,再加1 μL糖原(20 mg/mL)做载体;-20°C沉淀30分钟以上,或-80°C 15分钟。

验证方法:离心后管底应见白色胶状沉淀。

6. 现象:沉淀贴壁不牢,倒上清时一起倒掉了。

原理:离心转速不够、角度不对,沉淀没压实。

怎么判断:倒掉上清后管底几乎看不到东西。

解决步骤:12,000 × g、4°

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