RNA提取降解RNase去除

来源:RNA提取降解RNase去除(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space

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RNA提取失败,最扎心的不是没产量,是电泳图一坨弥散,qPCR CT值还往后跑。你明明换了新试剂盒,A260/280却只有1.6,28S:18S倒过来。别急着怪柱子。这篇按样品、裂解、相分离、沉淀、洗脱、RNase去除逐段排查。给你具体体积、时间、温度和验证动作。

第一步:快速排查低级错误

1. 手套没换就摸离心机盖?手是RNase重灾区。解决:戴无粉手套,每碰一次门把手、笔、手机就换。

2. 枪头和管子不是无RNase认证?普通耗材残留RNase。解决:用带“RNase-free”认证吸头,开袋前喷RNaseZap,静置1分钟。

3. DEPC水没配好?0.1% DEPC,37°C过夜,121°C 20分钟。Tris不能用DEPC,会反应,得用新开封或DEPC水配。

4. 样品离体没速冻?内源RNase几秒就启动。解决:液氮速冻,或RNAlater 4°C过夜后转-80°C,别反复冻融。

教程配图2:RNA提取降解RNase去除 排查流程示意
▲ 教程配图2:RNA提取降解RNase去除 排查流程示意

第二步:分维度系统排查

1. 样品采集与保存

现象:RNA电泳28S/18S模糊,RIN只有4-6。原理:离体后内源RNase立即释放。解决:组织取≤100 mg,液氮研磨成粉,加1 mL TRIzol;细胞用PBS洗一次,直接加1 mL TRIzol,别先离心成干pellet。验证:取1 µL测NanoDrop,A260/280应在1.9-2.1;跑1%琼脂糖,28S:18S约2:1。

2. 裂解与匀浆

现象:裂解液粘稠、堵枪头,产量低。原理:裂解不完全,RNA没释放,RNase没变性。解决:组织加1 mL TRIzol,电动匀浆器15-30秒,冰上间歇;细胞每10 cm²加1 mL,反复吹打10次。室温静置5分钟。验证:裂解液应透明不粘,无肉眼颗粒。

3. 相分离

现象:中间层厚,水相少,A260/230低。原理:氯仿比例、pH和离心温度影响分层。解决:每1 mL TRIzol加200 µL氯仿,剧烈振荡15秒,室温3分钟,12,000×g 4°C离心15分钟。吸上层水相400-500 µL,别碰中间层。验证:水相约初始TRIzol体积的50-60%。

教程配图3:RNA提取降解与RNase去除排查流程示意
▲ 教程配图3:RNA提取降解与RNase去除排查流程示意

4. 沉淀与洗涤

现象:沉淀发黄或发褐,A260/230<1.8。原理:酚、盐、多糖残留。解决:加500 µL异丙醇,室温10分钟,12,000×g 4°C离心10分钟。弃上清,加1 mL 75%乙醇,涡旋,7,500×g 4°C离心5分钟,重复一次。空气干燥5-10分钟,别全干。验证:沉淀应白色半透明。

5. 溶解与保存

现象:RNA难溶,或放两天就降解。原理:过度干燥、反复冻融、水相RNase残留。解决:加20-50 µL RNase-free水或TE,55°C 10分钟,轻弹溶解。分装5-10 µL,-80°C保存。验证:A260/280 1.9-2.1,A260/230>2.0。

6. RNase去除

现象:新提RNA也降解,空白水对照也出条带。原理:台面、耗材、试剂带入RNase。解决:台面喷RNaseZap,静置1分钟擦干;玻璃器皿180°C烘4小时;DEPC水0.1%处理,37°C过夜后121°C 20分钟;Tris、HEPES用新开封。加RNasin 20-40 U/µL。验证:设空白水+RNasin,37°C孵育1小时,电泳无弥散。

第三步:进阶疑难问题

1. 富含RNase组织

胰腺、脾、肝,裂解后马上降解。现象:加TRIzol前就发粘,RNA得率低。解决:液氮研磨后直接加预冷TRIzol,匀浆后立即加氯仿;裂解液加1% β-巯基乙醇。验证:RIN>7,28S:18S≈2:1。

2. 植物多糖多酚样本

现象:沉淀粘,A260/230<1.5。原理:多糖多酚抑制酶和柱膜。解决:裂解液加2% PVP和1% β-巯基乙醇,氯仿抽提两次,加1/10体积3 M NaOAc pH 5.2和2.5倍乙醇,-20°C 2小时。验证:跑胶无拖尾,qPCR无抑制。

3. 微量样本

现象:得率<10 ng/µL,qPCR失败。解决:加10 µg糖原或carrier RNA,用低吸附管,洗脱20 µL,真空浓缩。验证:Bioanalyzer RIN>6,或qPCR标准曲线扩增效率90-110%。

避坑总结+实操建议

三条核心结论。降解多半发生在加TRIzol之前,离体30秒内速冻。RNase去除靠耗材和溶液,不靠

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