核酸提取A260/230低胍盐残留

来源:核酸提取A260/230低胍盐残留(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space

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开篇导语

核酸提取做完,A260/280挺漂亮,A260/230却掉到1.2,你敢直接送qPCR吗?这个比值低,常见元凶就是胍盐残留,也可能被洗液、上样量、空白和操作坑了。下面按“先排低级错、再拆流程、后啃疑难”走一遍,给你能直接照做的判断、验证和解决动作。覆盖柱式DNA/RNA提取,参数按常规200 µL样本给。

第一步:快速排查低级错误

1. Wash Buffer II 没加乙醇,或乙醇加错浓度。 直接看瓶身刻度:多数试剂盒要求按标签加入100%乙醇至80%工作浓度,少加一次,盐就洗不干净;重新按说明书配,瓶上写“已加乙醇”和日期。

2. 忘做空柱离心和开盖干燥。 膜上残乙醇和盐会一起进洗脱液;空柱12,000 g离心2分钟,开盖56°C放3-5分钟,别烤过头。

3. 洗脱液、枪头或比色皿污染。 换新TE pH 8.0,用同一批枪头,NanoDrop基座先用70%乙醇擦、再用水擦,空白用洗脱液。

4. 上样量过大,裂解液太黏。 组织超过20 mg或细胞超过5×10^6,柱子容易过载;减半上样,或分两根柱子过。

教程配图2:核酸提取A260/230低胍盐残留 排查流程示意
▲ 教程配图2:核酸提取A260/230低胍盐残留 排查流程示意

第二步:分维度系统排查

1. 裂解不彻底,胍盐抱团进柱子。

现象: 裂解液发黏、有颗粒,洗脱产量不低,A260/230只有0.8-1.2。

原理: 胍盐裂解液没把核酸释放干净,黏稠体系会把盐和蛋白一起带进硅胶膜,230 nm吸收压不住。

解决: 200 µL样本加20 µL Proteinase K,56°C孵育30分钟,每10分钟涡旋5秒;组织先剪碎,加200 µL含胍盐裂解液后充分混匀。

验证: 裂解液应清亮、无组织块;取5 µL点板看无黏丝,再继续加乙醇。

2. 结合步骤乙醇比例不对,盐没被“冲开”。

现象: 洗脱体积正常,A260/230低,A260/280尚可。

原理: 柱式提取靠乙醇把核酸压上膜,乙醇少了结合差,乙醇多了盐易残留;胍盐在230 nm有强吸收。

解决: 200 µL裂解液加200 µL 100%乙醇,枪头吹打10次,室温放5分钟;每次转柱不超过700 µL,8,000 g离心30秒,分两次上完。

验证: 看流穿液体积是否接近上样量;若柱子滴液很慢,说明黏度太高,回去减上样量。

教程配图3:核酸提取A260/230低胍盐残留 排查流程示意
▲ 教程配图3:核酸提取A260/230低胍盐残留 排查流程示意

3. 洗涤次数不够,Wash I/II 顺序用反。

现象: 230 nm处有肩峰,A260/230常低于1.5,重复样本忽高忽低。

原理: Wash I通常去蛋白和盐,Wash II含乙醇去盐;少洗一次或把Wash II当Wash I用,胍盐直接留膜上。

解决: 加500 µL Wash I,12,000 g离心30秒;加600 µL Wash II,12,000 g离心30秒,重复一次Wash II;空柱12,000 g离心2分钟。

验证: 洗后取流穿液1 µL测A230,应接近空白;若仍高,再加洗一次Wash II。

4. 干燥不足或干燥过度,盐和乙醇两头坑。

现象: 洗脱液闻着有乙醇味,A260/230低;或产量突然掉。

原理: 乙醇残留会干扰酶反应,盐残留抬高230吸收;烤太干膜会 irreversibly 吸附核酸。

解决: 空柱离心后开盖56°C放3分钟;不要超过5分钟。洗脱前可室温再放2分钟。

验证: 洗脱液无酒味;A260/230复测应回到1.8以上,RNA到2.0以上更稳。

5. 洗脱体积太小,污染物被浓缩。

现象: 产量看起来高,A260/230却低,稀释5倍后比值变好。

原理: 30 µL以下洗脱时,膜上残余胍盐和乙醇被浓缩,230吸收被放大。

解决: 用50 µL预热至65°C的TE pH 8.0洗脱,室温孵育2分钟,12,000 g离心1分钟;不要用20 µL硬洗。

验证: 同一柱再洗一次,第二管A260/230通常更高;若第二管产量仍高,说明第一次没洗透。

6. 定量空白和基座污染,假性低比值。

现象: 同一样本两次测差很多,230 nm整段抬高。

原理: 空白液与洗脱液不匹配,或基座残留胍盐,会把230吸收算进去。

解决: 基座用70%乙醇擦2次、无尘纸擦干,空白用同批TE;上样1.5 µL,浓度超1,000 ng/µL时用TE稀释5倍复测。

验证: 用Qubit或荧光定量交叉核对;若Nano

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