分子动力学模拟解析ssPalmO脂质纳米颗粒设计原理

来源:ACS Omega | 编译:DNA Lab Space

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mRNA药物的临床应用高度依赖递送载体,脂质纳米颗粒(LNP)因安全性和有效性而成为目前最成熟的技术平台。然而,可电离脂质的分子结构如何决定LNP的组装与功能,仍缺乏系统性的理论认识。本研究采用分子动力学模拟,从分子层面解析了ssPalmO衍生脂质纳米颗粒的自组装过程、mRNA互作模式及还原响应释放机制,为基于计算模拟的mRNA递送载体理性设计提供了全新思路。

研究背景

mRNA疫苗和蛋白替换疗法在近年取得了突破性进展,尤其是在新冠疫情期间,基于脂质纳米颗粒的mRNA疫苗成功验证了该平台的安全性与有效性。mRNA分子自身带有高负电荷,且极易被核酸酶降解,因而必须依赖有效的递送载体进入细胞质并表达目标蛋白。在众多非病毒载体中,LNP以其高效的包封能力、良好的生物相容性和临床可放大性脱颖而出。LNP通常由可电离脂质、辅助磷脂、胆固醇和聚乙二醇(PEG)脂质构成,其中可电离脂质是决定mRNA包封效率与内体逃逸能力的关键组分。

临床上广泛使用的可电离脂质,如DLin-MC3-DMA和SM-102,大多是通过经验性筛选获得的,其胺头基的pKa、疏水尾链的饱和度以及连接键的化学性质都会显著影响LNP的性能。但这种依赖试错法的研发模式周期长、成本高,难以满足快速发展的mRNA治疗领域对新型载体的需求。因此,建立从分子结构预测LNP功能的计算设计方法具有重要价值。

ssPalmO是一种带有可还原二硫键的pH响应型可电离脂质,其独特的结构设计使其在血液循环中稳定,进入细胞后可在还原性胞内环境中快速降解,从而促进mRNA释放。尽管已有实验研究验证了ssPalmO在siRNA和mRNA递

Snapshot from the simulation of the bilayer of (a) Cis -ssPalmO-phe, (b) Trans -ssPalmO-phe, (c) Cis -ssPalmO-ben, (d) T
▲ Snapshot from the simulation of the bilayer of (a) Cis -ssPalmO-phe, (b) Trans -ssPalmO-phe, (c) Cis -ssPalmO-ben, (d) T
图1(a)混合脂双层模拟500 ns快照;(b) Cis-ssPalmO-phe脂尾(青色/蓝绿色)与头基(蓝/红)沿距双层中心距离的数密度;(c) Cis-ssPalmO-phe结构;(d) DOPC结构。
▲ 图1(a)混合脂双层模拟500 ns快照;(b) Cis-ssPalmO-phe脂尾(青色/蓝绿色)与头基(蓝/红)沿距双层中心距离的数密度;(c) Cis-ssPalmO-phe结构;(d) DOPC结构。
(a) 模拟体系静电势及ssPalmO、ssPalmO-phe、ssPalmO-ben及其异构体的氘有序参数;(b) 所有体系SN1酰基链S CD参数;(c) 所有体系SN2酰基链S CD
▲ (a) 模拟体系静电势及ssPalmO、ssPalmO-phe、ssPalmO-ben及其异构体的氘有序参数;(b) 所有体系SN1酰基链S CD参数;(c) 所有体系SN2酰基链S CD

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