核酸提取降解操作温度

来源:核酸提取降解操作温度(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space

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跑胶条带弥散、浓度低、qPCR Ct值忽高忽低?别急着换试剂盒。核酸降解大概率藏在温度细节里,从样本离体到裂解、离心、洗涤、洗脱、保存,每一段都有温度坑。本文按操作流程拆故障,给出现象、原理、具体参数和验证动作,你照着排查就能定位。

第一步:快速排查低级错误

1. 样本在实验台放太久。组织离体后室温搁10分钟,RNA就开始掉。解决:切块直接入液氮,或干冰上操作。

2. 裂解液没预冷。RNA提取时裂解液室温加入,内源酶先动起来。解决:裂解液4°C预冷,冰上裂解5-10分钟。

3. 离心机没真降到4°C。面板显示4°C,腔体还没冷。解决:提前30分钟预冷,转子一起冷。

4. 洗脱液和枪头常温。洗脱液室温、枪头盒开盖太久。解决:RNA用冰上预冷RNase-free水,枪头现取现关。

教程配图2:核酸提取降解操作温度 排查流程示意
▲ 教程配图2:核酸提取降解操作温度 排查流程示意

第二步:分维度系统排查

1. 样本离体到冻存这一段。现象:RNA跑胶28S/18S模糊,基因组DNA大带拖尾,qPCR Ct晚2-3个循环。原理:离体后内源RNase/DNase在室温快速激活,25°C放15分钟足够让RNA部分降解。解决步骤:组织块切≤0.5 cm,离体3分钟内入液氮;运输用干冰,短期保存-80°C,别放-20°C。验证方法:同一组织分0、5、15、30分钟室温放置,再同批提取跑胶,看条带是否随时间变糊。

2. 裂解温度和时间。现象:得率不低,但完整性差。原理:RNA裂解要冰上抑制酶,DNA裂解常56°C加蛋白酶K;温度过高或时间过长会化学水解。解决步骤:RNA裂解液4°C预冷,冰上裂解5-10分钟,加胍盐;DNA裂解56°C水浴30分钟,别超过60分钟,蛋白酶K按20 mg/mL加10 μL/200 μL体系。验证方法:设冰上、室温、37°C三组裂解10分钟,跑胶比条带。

3. 离心和相分离温度。现象:水相浑浊、中间界面厚、回收率低。原理:室温离心时RNase活跃,相分离也差。解决步骤:离心机提前30分钟设4°C;12000g离心10分钟;加氯仿后快速混匀15秒,冰上静置3分钟再离心。验证方法:用温度计测腔体,别只看面板;比较4°C与室温离心的A260/280和胶图。

教程配图3:核酸提取降解操作温度 排查流程示意
▲ 教程配图3:核酸提取降解操作温度 排查流程示意

4. 洗涤与乙醇温度。现象:A260/280偏低,胶

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