CRISPR文库筛选脱靶扩增子测序

来源:CRISPR文库筛选脱靶扩增子测序(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space

📎 相关工具:质粒载体构建校验

文库筛完,命中一大片。你想回头确认几个候选位点的脱靶情况,扩增子测序跑完一看——阴性对照里也冒出5%的编辑率,某几个位点的数值比GUIDE-seq高出三四倍。是引物设计背锅,还是PCR条件太松?这篇教程按操作流程走一遍:从gDNA用量、引物特异性、两轮PCR循环数,到index hopping和数据分析阈值。每一步都给参数和验证动作,照着做,大概率能定位到那根坏掉的链条。

第一步:快速排查低级错误

教程配图2:CRISPR文库筛选脱靶扩增子测序 排查流程示意
▲ 教程配图2:CRISPR文库筛选脱靶扩增子测序 排查流程示意
教程配图3:CRISPR文库筛选脱靶扩增子测序排查流程示意
▲ 教程配图3:CRISPR文库筛选脱靶扩增子测序排查流程示意

新手翻车,八成问题出在这四件事上。别急着

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