来源:核酸提取RNA降解抑制剂浓度调整(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space
提RNA的人几乎都栽过这个跟头。样品进裂解液,NanoDrop 读数漂亮,跑胶一看 28S 糊成一片,或者只剩 5S。你第一反应是 RNase 抑制剂加少了,从 1 U/μL 加到 4 U/μL。降解没救回来,下游 RT-qPCR 的 Ct 值全体后移 3 个循环。问题往往不在“加多少”,而在“加在哪、什么时候加、体系兼不兼容”。这篇把抑制剂这条线从低级错误拆到疑难杂症,照着做,一小时定位。
第一步:先别动抑制剂浓度,这4个坑排掉再说
1. 手套和枪头:摸过门把手再摸管盖,RNase 就进去了。换新手套,用带滤芯的 10 μL/200 μL 枪头,台面喷 75% 乙醇擦一遍。
2. 样品超载:50 mg 组织配 1 mL Trizol 是上限。加到 100 mg,裂解不彻底,内源 RNase 释放速度比抑制剂占位快。
3. 抑制剂加错位置:把 RNasin 加进洗脱液或洗脱用水里,等于没加。它必须在裂解液接触样品之前就在体系里。
4. 室温磨蹭:从取样到加裂解液超过 2 分钟,降解已经开始了。冰上操作,组织块别在室温化冻。

第二步:分维度系统排查
1. 抑制剂本身的效价还剩多少
现象:同一批样品,上个月提得挺好,这周全部弥散,配方一个字没改。
原理:RNasin 这类蛋白抑制剂是甘油原液,-20°C 反复冻融 5 次以上活性掉一半。它抑制的是 RNase A 家族,对 RNase 1、RNase T1 效果本来就弱。
解决:分装成 10 μL 小管,-80°C 存,用时冰上化,化完就扔。裂解体系按 1 U/μL 给,即 1 mL Trizol 加 40 U/μL 的 RNasin 25 μL。
验证:取 1 μg 现提的 HeLa RNA,37°C 水浴 30 分钟,加与不加抑制剂各一管,跑 1% 变性胶。加的管 28S/18S 应完整,不加的应出现明显 smear。做不出差异,说明这支抑制剂是死的。
2. 加的时机对不对
现象:降解集中在某几个样品,同批试剂其他样品没事。
原理:抑制剂是抢跑型选手,必须在内源 RNase 释放前完成占位。研磨、匀浆那 30 秒就是窗口期。
解决:裂解液配好先加抑制剂混匀,冰上预冷 5 分钟再加样品。液氮研磨的把抑制剂直接加进研磨管。别等样品化冻了才想起来补。
验证:设“抑制剂先加”和“样品先加、后补抑制剂”两组,同样提,胶上比 28S 条带亮度,差一倍以上就是时机问题。
3. 裂解液成分把抑制剂废掉了
现象:裂解液里明明有 1 U/μL 抑制剂,提出来照样降解;同样的抑制剂加进 PBS 做对照却好使。
原理:RNasin 是蛋白质。1% SDS、>4 M 异硫氰酸胍都能让它变性。Trizol 类试剂本身就含 4 M 胍盐,你在里面加蛋白类抑制剂,多半白花钱。
解决:胍盐体系靠变性,不靠 RNasin。真要用抑制剂,用在裂解前的 PBS 冲洗液、柱纯化的 wash buffer、或者 RT 反应体系里。用胍盐裂解的就把样品量减半、匀浆压到 30 秒内,比加抑制剂实在。
验证:40 U RNasin 直接加进 1 mL Trizol,37°C 放 10 分钟,再测它对 RNase A 的抑制率,基本归零。
4. 下游体系里抑制剂过量
现象:RNA 胶上完整,逆转录却做不出来。-RT 对照干净,Ct 值就是比平时晚 3-5 个。
原理:RNasin 是蛋白,浓度到 2-4 U/μL 时对 M-MLV 有轻度抑制;甘油带入超过体系 5% 也压酶活。
解决:20 μL RT 体系加 20 U(1 U/μL)足够,别超 40 U。RNA 上样控制在 1 μg 以内。
验证:同一样品做 0.5、1、2 U/μL 三个抑制剂浓度的 RT,看 Ct。曲线不降反升,就是加多了。

第三步:进阶疑难
1. 批次性失效。新开一支就降解,旧支没事。多半是冷链断过,甘油原液里的蛋白聚了。每批做一次攻毒实验:10 ng RNase A 加进去看扛不扛得住。扛不住直接退。
2. 抑制剂掩蔽了真实降解。加到 4 U/μL 后胶上漂亮,28S/18S 比值却只有 0.8。降解已经发生,只是被按住了,死 RNA 照样进 RT