蛋白互作Co-IP非特异结合洗涤强度

来源:蛋白互作Co-IP非特异结合洗涤强度(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space

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Co-IP最烦的不是没条带,是条带太多。诱饵一拉,IgG对照也亮,beads对照也脏,审稿人一问就卡。洗涤强度是最好调、也最容易调过头的变量。这篇按“低级错误—流程分模块—进阶疑难”走,给你能直接上手的盐浓度、去垢剂、洗涤次数和时间参数,把非特异结合压下去,同时别把弱互作洗没了。

第一步:快速排查低级错误

1. 裂解液没加蛋白酶抑制剂?冰上操作拖到30分钟以上,降解带会装成背景。解决:每10 mL裂解液加1片cOmplete,全程4°C,30分钟内完成裂解。

2. Beads没封闭?未封闭的Protein A/G磁珠直接吸杂蛋白。解决:1 mL裂解液加5 mg BSA或0.1%明胶,4°C旋转30分钟,再用裂解液洗2次。

3. 抗体加太多?1 μg诱饵蛋白配0.5-2 μg抗体足够,抗体过量直接抬高IgG对照。解决:先做抗体滴定,固定beads 20 μL。

4. 洗涤液没预冷、次数记错?4°C预冷,每次1 mL,洗3次是底线,别用室温PBS糊弄。

先把这些低级错误排掉,再谈洗涤强度。

教程配图2:蛋白互作Co-IP非特异结合洗涤强度 排查流程示意
▲ 教程配图2:蛋白互作Co-IP非特异结合洗涤强度 排查流程示意

下面进入正题。背景高不一定是“洗得不够”,也可能是“洗错了地方”。

第二步:分维度系统排查

1. 裂解液盐浓度偏低。现象:IgG对照和beads对照都有多条带,目的孔反而看不清。原理:低盐降低离子屏蔽,静电非特异吸附增多。解决:裂解液NaCl从50-100 mM提到150 mM;洗涤液做150→300 mM梯度。验证:同一裂解液分两份,150与300 mM各洗3次,WB看对照孔杂带。

2. 去垢剂太温和或太猛。现象:膜蛋白/核蛋白背景重、条带弥散,或者一加SDS目标就消失。原理:1% NP-40对膜/核复合物不够,0.1% SDS又可能拆弱互作。解决:裂解用1% NP-40;背景高时洗涤用0.5% NP-40加0.05% SDS试一轮,弱互作改用0.2% Triton X-100。验证:固定盐浓度,只变去垢剂平行做,Input和IP同时跑。

3. 洗涤次数不足。现象:最后一次洗涤上清还能WB到诱饵或杂带。原理:残留上清和松散结合没被稀释掉。解决:基础洗3次,背景高洗到5次;每次1 mL,4°C旋转5分钟,2000g离心1分钟并换管。验证:留第3、4、5次洗液各20 μL,直接跑WB。

洗涤次数不是越多越好,下一步看时间温度。

教程配图3:蛋白互作Co-IP非特异结合洗涤强度 排查流程示意
▲ 教程配图3:蛋白互作Co-IP非特异结合洗涤强度 排查流程示意

4. 洗涤时间/温度过头。现象:对照干净了,诱饵和目标条带也弱了。原理:长时间高盐去垢剂会解离复合物。解决:4°C,每次5分钟;高盐洗不超过10分钟;总洗涤时长控制在40分钟内。验证:Input与IP定量,算目标/诱饵比值。

5. 高盐洗强度用错。现象:300 mM NaCl后背景降了,弱互作也没了。原理:盐削弱静电作用,强互作扛得住,弱互作扛不住。解决:先150 mM洗3次,再300 mM洗2次,最后150 mM平衡一次;弱互作别直接上500 mM。验证:不同盐浓度洗液各留20 μL跑WB。

6. Beads/抗体非特异。现象:IgG同型对照与目的抗体一样多带。原理:抗体Fc、核酸和beads表面吸附。解决:预清除用20 μL beads 4°C旋转30分钟;裂解液加鲑鱼精DNA 100 μg/mL;抗体交联到beads减少重链干扰。验证:IgG对照、beads-only对照同时上。

7. 洗脱不彻底。现象:洗脱孔

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