细胞交叉污染STR鉴定排查

来源:细胞交叉污染STR鉴定排查(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space

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细胞养着养着,STR图谱多出几个峰。数据库一比对,匹配度只有60%。你懵了:是污染,还是样本搞错?别急着扔细胞。这篇教程把细胞交叉污染导致的STR鉴定异常拆成三步:先查低级错误,再按培养、提取、PCR、电泳、分析逐段排查,最后讲几个容易误判的进阶坑。每个原因都给判断、验证和解决动作。照着做,大概率能锁定问题。

第一步:快速排查低级错误(别让小失误背锅)

1. 样本标签对不上? 冻存管、培养瓶、PCR管三处编号必须一致。解决:翻冻存记录,双人核对,重新取样跑一次。

2. DNA浓度太低或太高? Qubit读数低于0.5 ng/µL或高于20 ng/µL,峰容易塌或出杂峰。解决:稀释到1-2 ng/µL,NanoDrop A260/280控制在1.8-2.0。

3. PCR漏加组分? 没加酶、引物或模板,图谱空白或只剩LIZ峰。解决:新配Master Mix,设阳性对照,检查-20°C试剂是否反复冻融。

4. 电泳板位错? 上样顺序和板图不一致,A样本读成B样本。解决:重排96孔板图,加ladder定位,重跑一次。

教程配图2:细胞交叉污染STR鉴定排查 排查流程示意
▲ 教程配图2:细胞交叉污染STR鉴定排查 排查流程示意

第二步:分维度系统排查(从培养到数据分析)

1. 培养操作交叉污染

现象:同一次传代的多株细胞STR相同,或主峰旁带低峰。

原理:移液枪、培养基、胰酶共用,细胞气溶胶进入另一瓶。

解决:每株细胞专用培养基分装。0.25%胰酶1 mL/25 cm²,37°C消化1-2分钟。

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