qPCR标准曲线线性差模板抑制

来源:qPCR标准曲线线性差模板抑制(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space

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标准曲线R²只有0.97,扩增效率78%,或者反过来飙到135%,复孔看着挺齐,一拉曲线就翘尾。这类问题最耗时间。别急着换引物,八成不是引物的锅。下面按“低级错误—模板抑制—稀释误差—体系干扰—板子仪器”的顺序走一遍,每个原因都给判断方法、解决动作和验证手段,覆盖模板抑制、移液误差、二聚体干扰三类主因。照着做,大多数曲线能在两小时内救回来。

第一步:快速排查低级错误

先花五分钟看这四条,很多人卡在这里。

1. 稀释不换枪头、不混匀:每级换滤芯枪头,涡旋5 s,瞬时离心再取下一级。

2. 用1 µL转移做10倍稀释:改成5 µL模板+45 µL水,或10 µL+90 µL,转移体积别低于5 µL。

3. 阈值让软件自动设:改成手动阈值,统一设在指数扩增期中段,所有板同一高度。

4. 稀释用普通离心管、冰上操作:换低吸附管,稀释液和模板先回温到室温再用。

教程配图2:qPCR标准曲线线性差模板抑制 排查流程示意
▲ 教程配图2:qPCR标准曲线线性差模板抑制 排查流程示意

第二步:分维度系统排查

模块一:模板里的抑制物(占一半以上)

现象:10倍梯度往下走,前两三个点Ct偏高甚至压不出峰,稀释到10⁻³之后Ct突然“跳”回正常,相邻两点ΔCt只有2.2而不是3.3。

原理:裂解液残留、柱纯化的乙醇和胍盐、SDS、EDTA、肝素、血红素、腐殖酸,会直接压Taq酶活性或螯合Mg²⁺。抑制物跟着模板一起被稀释,所以越稀越“正常”。

解决步骤:①取2 µL cDNA加18 µL水做1:10预稀释,再往下做梯度;②柱纯化样本洗柱后65 °C开盖干5 min,或补一次200 µL 75%乙醇空转1 min;③反应体系里加BSA到0.1 µg/µL

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