来源:琼脂糖凝胶条带模糊电压(DNA Lab Space 实验教程)| 编译:DNA Lab Space
跑完胶,条带像被橡皮擦蹭过,边缘糊成一片。你第一反应调电压,有时对,有时越调越糟。模糊可能来自制胶、上样、缓冲液、电压、温度、染色任何一环。这篇按“低级错误→流程模块→进阶疑难”走一遍,给你具体电压、时间、浓度和验证动作。别急着扔胶,先看这几个点。
第一步:快速排查低级错误
- 电压直接拉到 220 V?现象是胶发烫、条带 smiling。解决:迷你胶 80–100 V,大胶按 1–5 V/cm 电极间距算,跑 30–60 min。
- 缓冲液重复用超过 3 次?离子强度掉下来,条带拖尾。解决:换新鲜 1×TAE 或 0.5×TBE,液面高过胶面 2–3 mm。
- 胶没凝固就拔梳子?孔底破了,条带歪。解决:室温凝固 30 min,或 4°C 15 min,拔梳子前把胶浸没在缓冲液里。
- 上样量太大、盐太高?孔里亮团,泳道发白。解决:50–100 ng/孔,6× loading dye 按 1:5 加,总上样体积不超过孔体积的 80%。

第二步:分维度系统排查
1. 制胶:浓度和凝固决定分辨率
现象:小片段挤成一团,大片段拖尾。原理:琼脂糖浓度越高,孔径越小,小 DNA 分得开,大 DNA 反而跑不动。解决步骤:0.8% 跑 >5 kb;1% 跑 0.5–7 kb;1.5–2% 跑 <500 bp。称 1 g 琼脂糖加 100 mL 1×TAE,微波沸腾 3 次,每次摇匀,冷到 60°C 加 0.5 µg/mL EtBr,倒胶厚度 5–7 mm。验证:跑 100 bp ladder,看相邻带是否分开。分不开就换浓度。
2. 上样:样品盐和蛋白残留
现象:条带晕开,泳道整体发白。原理:高盐让导电不均,蛋白结合 DNA 改变迁移。解决步骤:PCR 产物直接上样别超过 5 µL;质粒用 1× loading dye 稀释;盐太高做乙醇沉淀:0.1 倍体积 3 M NaOAc pH 5.2,加 2.5 倍体积无水乙醇,-20°C 30 min,12,000×g 4°C 10 min,70% 乙醇洗一次,溶 10 µL TE。验证:同一管做 1:5 稀释,模糊减轻就是上样问题。
3. 缓冲液:新鲜度和液面
现象:条带整体慢、拖尾、溴酚蓝前沿弯。原理:缓冲液 pH 和离子强度决定 DNA 电荷与电流。解决步骤:1×TAE 用 0.5–1×,TBE 用 0.5×;每次配 1 L,重复使用不超过 3 次。液面没过胶面 2–3 mm。验证:空胶跑 5 min,看溴酚蓝前沿是否平直;弯就换缓冲液。
4. 电压:高电压是模糊常客
现象:带变宽、发热、边缘翘。原理:电压过高,焦耳热让胶温升到 50°C 以上,DNA 扩散加剧,迁移率不再线性。解决步骤:迷你胶 80–100 V,跑 30–45 min;要分辨近带,降到 50–70 V,延到 60–90 min。大胶按 1–5 V/cm 电极间距,例如 20 cm 槽用 20–100 V。验证:跑前摸槽壁,微温可以,烫手就降电压或加冰袋。

5. 染色与成像:别把模糊赖给电压
现象:条带边缘毛、背景高。原理:EtBr 染色不均、UV 过曝会放大模糊。解决步骤:胶内 EtBr 0.5 µg/mL;后染用 1×TAE 加 0.5 µg/mL EtBr 染 20 min,脱