CRISPR碱基编辑效率低脱氨酶融合

来源:DNA Lab Space 实验教程 | 编译:DNA Lab Space

📎 相关工具:质粒载体构建校验

忙了两个月,换了三个启动子,流式分选后Sanger测序峰图还是平的——编辑效率低到怀疑人生。别急着换最新的脱氨酶突变体,大概率是融合构建或基础流程在拖后腿。本文只谈实操,从构建到细胞,把脱氨酶融合相关的坑逐层扒开。

第一步先扫雷,第二步分模块细查,第三步处理疑难杂症。每一步都给你完整的判断→验证→解决链条,照着做就行。

第一步:快速排查低级错误

先别动表达载体,这4个新手坑直接让效率归零:

1. 转染对照做了吗? 拿GFP质粒试,用阳离子脂质体(Lipo3000按1:1.5比例)转染后24小时看荧光。阳性率低于70%就别做碱基编辑,先练转染。

2. 嘌呤霉素加早了? 用到pX330系列或慢病毒载体时,通常1μg/mL筛选浓度,转染后48小时再加。加早了,细胞没来得及表达编辑器和sgRNA就死了,后面全是空信号。

3. sgRNA插反了? BbsI酶切后反向连接是高频事故。酶切后跑1%琼脂糖凝胶,线性化条带应该在预期大小附近,再切一次对比条带位置。

4. 编辑位点不在窗口内? 胞嘧啶编辑器(CBE)通常在PAM上游4-7位,腺嘌呤编辑器(ABE)在3-7位。你的目标C或A不在这个窗口里,效率天然就是0。先回数据库查清楚。

教程配图2:CRISPR碱基编辑效率低脱氨酶融合 排查流程示意
▲ 教程配图2:CRISPR碱基编辑效率低脱氨酶融合 排查流程示意

排查到这里还没解决?大概率是系统性问题,往下走。

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